Столкнулся с проблемой после того, как начал использовать ssl.
http://site.ru // работает
https://site.ru // работает
http://site.ru/method // работает
https://site.ru/method // Not found
https://site.ru/index.php/method // работает
DirectoryIndex index.php RewriteEngine on RewriteBase / RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d RewriteCond $1 !^(index\.php|robots\.txt) RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
Но проблема осталась. Проблема была в /etc/apache2/sites-available поскольку использовался дефолтный конфиг (изначально настройки производились не мной).
... DocumentRoot /var/www/html
<Directory /var/www/html> Options Indexes FollowSymLinks MultiViews AllowOverride All Require all granted </Directory> ...
В app/Config/App.php:
public $forceGlobalSecureRequests = true;